بعد محاولة NERV الفاشلة لاستعادة رماح لونجينوس وتنفيذ مشروع الأدوات البشرية، تم تجنب الدمار الناجم عن التأثير الرابع إلى حد كبير. في حالة من الفوضى، يسافر شينجي إيكاري وأسوكا لانغلي شيكينامي وري أيانامي إلى القرية 3 - وهي مستوطنة الناجين الخالية من خراب الأرض. هناك، يتأقلم شينجي ببطء مع ماضيه، ويطور حياة مختلفة تمامًا عن أيامه كطيار في إيفانجيليون.\n\n\nوفي الوقت نفسه، تقوم NERV بالاستعدادات لمواصلة مشروع Instrumentality عن طريق تأثير جديد. عندما تصل سفينة WILLE الجوية الرئيسية إلى القرية، يقرر Shinji الصعود إلى الطائرة، معتقدًا أنه يمكنه المساعدة من خلال قيادة Evangelion. مع الكشف عن أسرار جديدة واقتراب المعركة بين WILLE و NERV، فإن مستقبل الأرض معلق في الميزان. هل يمكن لـ Shinji إنقاذ البشرية وبقية العالم مرة أخيرة؟