منظمة النينجا التحتية بعد نهاية الحرب في المحيط الهادئ، أصدرت القيادة العامة للحلفاء أمرًا بتفكيك جميع منظمات النينجا. بدا أن حقبة النينجا قد انتهت، لكن الحقيقة كانت مختلفة. فقد انسحبوا إلى الظل وبدأوا يتسللون إلى منظمات حول العالم، ويواصلون مهامهم في الخفاء. كوموغاكوري كورو، نينجا من الطبقة الدنيا يعيش في بطالة مملة، إلى أن تُسند إليه فجأة مهمة سرية: التحقيق في منظمة مظلمة وغامضة تُعرف باسم "Under Ninja". ومن هنا، يبدأ صراع خفي بين النينجا في الظل وصراعات القوى الحديثة، وسط عالم يجهل وجودهم.