الأخير: فيلم ناروتو تجري أحداث القصة بعد عامين من حرب النينجا الرابعة الكبرى. حيث بدأ القمر الذي أنشأه أوتسوتسوكي هاجورومو منذ فترة طويلة ، لمنع تمثال الجيدو بالنزول نحو العالم. مهددًا بذلك بأن يصبح نيزكًا سيدمر كل شيء عند الاصطدام بالأرض. وسط هذه الأزمة ، يحاول سليل مباشر من كاغويا أوتسوتسوكي يدعى تونري أوتوتسوكي خطف هيوغا هيناتا ، ولكن ينتهي به الأمر باختطاف أختها الصغرى هنابي. ليقوم ناروتو وحلفاؤه بمهمة إنقاذها قبل أن يجدوا أنفسهم متورطين في معركة أخيرة لتقرير مصير كل شيء.