الحروب القذرة يسافر المحقق الصحفي جيرمي سكاهيل لأفغانستان واليمن والصومال والعديد من الدول الأخرى التي وطأت عليها مدرعات وبارجات وصواريخ الجيش الأمريكي. في أفغانستان يحقق جيرمي سكاهيل في تستر الجيش الأمريكي والبيت الأبيض على مقتل 5 أفغان مدنيين على يد القوات الخاصة المشتركة من بينهم نساء حوامل. يحاول جيرمي سكاهيل كشف النقاب عن اغتيال أنور العوالقي من قبل الولايات المتحدة. يقدم الوثائقي أيضًا شهادات مختلفة لعملاء في المخابرات المركزية الأمريكية.